Lilliput s'alimente avec:

• déchets agricoles - fumier et lisier (vaches laitières, porcs et bovins)
• biomasse agricole végétale (ensilage de mais, sorgo, paille, soja, herbe..)
• un mélange de deux substrats

L'installation est équipée de pompes triturantes afin de garantir l'homogénéité de la matière à l'intérieur du digesteur.

Le choix des matrices à introduire dans le digesteur est effectuée sur la base de la disponibilité et de l'évaluation du rendement énergétique des matériaux présents.
On sélectionne les matrices selon de paramètres économique-techniques.